2019
biológia
A Shank fehérjecsalád PDZ doménjének kísérletes előállítása és vizsgálata
Témavezető:
Dr. Gáspári Zoltán, Dr. Péterfia Bálint
Dr. Gáspári Zoltán, Dr. Péterfia Bálint
Összefoglaló
Dolgozatom témája a Shank fehérjecsalád, ezen belül annak PDZ doménje, amely a szinaptikus jelátvitelben játszik szerepet. A fehérjecsalád három tagja mind a posztszinaptikus denzitásban lokalizálódik, és állványfehérjeként számos fontos PSD fehérjével lép interakcióba. Ezen kívül önmagával való interakciói is ismertek. Funkcióvesztéses mutációit összefüggésbe hozták az autizmus spektrum zavar tüneteivel, ami motivációt jelent további kutatására. A Shank fehérjék PDZ doménjével már korábbi dolgozataimban is foglalkoztam tanulmányaim során, így ebben a munkában ezeket a korábbi, és az azóta produkált eredményeket foglaltam össze. A fehérjecsaláddal kapcsolatban már a kísérletes munka kezdetét megelőzően végeztem átfogó irodalomkutatást, amelyet idén felfrissítettem, és kiegészítettem az azóta rendelkezésre álló újabb irodalommal, melyet a dolgozatban mind összefoglaltam. Bioinformatikai eszközök segítségével prediktáltam és terveztem az előállítandó DNS- és fehérjekonstrukciók tulajdonságait. Munkám fő célja a tervezett fehérjekonstrukciók előállítása volt, NMR mérések végzésére alkalmas tisztaságban és koncentrációban. E cél elérése érdekében a félév során számos optimalizálási kísérletet végeztem, melyek segítségével következtetéseket vontam le a rendelkezésre álló eszközök alkalmazhatóságáról. A félévben sikeresen felállítottam egy fehérjetermelési és tisztítási protokollt az egyik Shank1 PDZ konstrukcióhoz. Az általam előállított mintáról NMR méréseket végeztek, amelynek eredményeiből arra következtettem, hogy a fehérje felvette a szerkezetét. Így a fehérjekonstrukció előállítása sikeresnek könyvelhető el, habár a vártnál alacsonyabb koncentrációban. A jövőben a felállított protokollal ezt a folyamatot megismételhetem, több figyelmet fordítva a koncentráció javítására, ami megkönnyítené a további mérések elvégzését. Dolgozatomban ezen kísérletes munka lépéseit és eredményeit mutatom be nagyobb részletességgel.
Dr. Gáspári Zoltán
Dr. Péterfia Bálint