2017
biológia
Dudás Bálint
A teljes hosszúságú K-Ras4B konformációs állapotainak feltérképezése
Témavezető:
Dr. Balog Erika, Dr. Gáspári Zoltán
Összefoglaló
A Ras fehérjék napjaink rákkutatásának élvonalában helyezkednek el. Viszont az elmúlt évtizedek intenzív kutatásainak ellenére sem sikerült ez idáig hatékony Ras inhibitort felfedezni. Ez két fő okra vezethető vissza. Egyrészt nehéz a Rast közvetlen támadni, mert az onkogén mutáns fehérje aktív állapotában rögzül (GTP kötött állapot). A sejt belsejében található magas GTP koncentráció mellett az eredendően alacsony belső GTPáz aktivitás szinte lehetetlenné teszi az ez irányú törekvéseket. Másrészt nem találtak megfelelő kis molekula kötőhelyet a fehérje felületén. Ezek alapján arra a következtetésre jutottak, hogy a Ras allosztérikusan sem gátolható.
Egy 2013-as folyóiratban Nussinov és társai (Trends Mol Med, 2013) rámutattak, hogy a jelenlegi képünk a Ras szerkezetéről és mechanizmusáról és ezzel együtt a szabályzásáról leginkább statikus szerkezeten alapul és nem vesszük figyelembe a konformációs dinamikát és allosztérikus hatásokat. Mindez, Nussinov szerint, lekorlátozza a lehetséges útvonalak feltérképezését.
Habár számtalan kísérleti adat áll rendelkezésünkre (például több mint 100 röntgen szerkezet), óriási szükség van szimulációs módszerekre, amelyek elégségesen feltérképeznék a konformációs teret ezzel téve lehetővé bizonyos allosztérikus kötő zsebek felfedezését.
A kutatásunk célja, hogy feltérképezzük a GDP kötött inaktív és GTP kötött aktív fehérje konformációs terét, kimutassuk a HVR (hiper-variábilis régió) és a katalitikus domain közötti kölcsönhatásokat és felfedezzük a két aktivációs állapot közötti hasonlóságokat, különbségeket.
Dudás Bálint
Dudás Bálint
Adatok feltöltés alatt
Curriculum Vitae

Dudás Bálint, Info-Bionika MSc-s hallgató vagyok. Kutatásomat Dr Balog Erikával a Semmelweis Egyetem Biofizikai es Sugárbiológiai intézetében 4 éve kezdtem meg. Amit a leginkbb szeretek a kutatási területünkben az a fizika es matematika kombinálása biológiai problémák megoldására. Korábban már vettem reszt TDK konferencián, ahol első helyezett lettem igy tovabbjutva az országos döntőbe, ahol különdíjat nyertem. Az ott szerzett tapasztalatok es elmenyek motiváltak abban, hogy idén is jelentkezzek a kari TDK-ra.
Dr. Balog Erika
Dr. Balog Erika
Adatok feltöltés alatt
Dr. Gáspári Zoltán
Dr. Gáspári Zoltán
Okleveles biológus, ELTE, 1999.
PhD, Szerkezeti biológia, ELTE, 2004.
Tanársegéd, ELTE TTK KI, 2004-2007.
Adjunktus, ELTE TTK KI, 2008-2011.
Docens, PPKE ITK, 2011-