2015
biológia
Rendezetlen kötőmotívumok kinyerése és elemzése a PDB fehérjeszerkezet adatbázisból
Témavezető:
Kalmár Lajos
Kalmár Lajos
Összefoglaló
Az ezredfordulón a szerkezetbiológusok felismerték, hogy egyes fehérjék nem képesek stabil harmadlagos szerkezetet felvenni, de mégis jól meghatározható funkciókat látnak el. Az elmúlt több mint tíz évben ezeket a fehérjéket rendezetlen fehérjeként ismerte meg a tudomány, és számos téren beigazolódott, hogy megismerésük mind az alaptudomány, mind az orvosbiológia szempontjából igen fontos. A rendezetlen fehérjék fő funkciója a fehérje-fehérje kölcsönhatások kialakítása, leggyakrabban egy rövid lineáris peptidszakasz (6-10 aminosav) kapcsolódik a globuláris, rendezett partnerhez. A globuláris fehérjékben található funkcionális egységekhez, a doménekhez hasonlóan ezek a szakaszok tekinthetők a rendezetlen fehérjék, fehérje szakaszok funkcionális egységének.
Munkám során a feladatom a PDB adatbázisból azon komplexek kiszűrése, feldolgozása és adatbázisba helyezése volt, melyek legalább egy ilyen rendezetlen kötőrégiót tartalmaznak. A feladat nehézségét egyrészt a PDB adatbázis számos hibájának menetközben történő kiszűrése jelenti, másrészt a munkából készülő adatbázis automatikusan kell, hogy frissüljön (a PDB adatbázis hetente, havonta frissül), ennek leprogramozása is fontos. Az adatok kiszűrése után azok feldolgozása is a feladat része volt. Ennek egyik része a rendezetlen kötőmotívumok és az azokat határoló régiók tulajdonságainak vizsgálata volt, a másik pedig egy olyan keresőalgoritmus létrehozása, mely rendezetlen fehérje kötőmotívumokat ismer fel. A munka eredménye egy a csoportban folyó átfogó vizsgálat részét képezi majd, melyben a rendezetlen motívumok kialakulását, általános felépítését, működésükhöz szükséges kulcs faktorokat keressük majd.
Munkám során a feladatom a PDB adatbázisból azon komplexek kiszűrése, feldolgozása és adatbázisba helyezése volt, melyek legalább egy ilyen rendezetlen kötőrégiót tartalmaznak. A feladat nehézségét egyrészt a PDB adatbázis számos hibájának menetközben történő kiszűrése jelenti, másrészt a munkából készülő adatbázis automatikusan kell, hogy frissüljön (a PDB adatbázis hetente, havonta frissül), ennek leprogramozása is fontos. Az adatok kiszűrése után azok feldolgozása is a feladat része volt. Ennek egyik része a rendezetlen kötőmotívumok és az azokat határoló régiók tulajdonságainak vizsgálata volt, a másik pedig egy olyan keresőalgoritmus létrehozása, mely rendezetlen fehérje kötőmotívumokat ismer fel. A munka eredménye egy a csoportban folyó átfogó vizsgálat részét képezi majd, melyben a rendezetlen motívumok kialakulását, általános felépítését, működésükhöz szükséges kulcs faktorokat keressük majd.
Kalmár Lajos