540f65333f57f89e2b954bc4_top_coatofarms_v2.png
540f65135b848513272c60bb_top_ornament_v2.png
2015
543aaffd1b4ea3f7344afcba_1st_prize.png
biológia
Szepes Dóra
Rendezetlen kötőmotívumok kinyerése és elemzése a PDB fehérjeszerkezet adatbázisból
Témavezető:
Kalmár Lajos
Összefoglaló
Az ezredfordulón a szerkezetbiológusok felismerték, hogy egyes fehérjék nem képesek stabil harmadlagos szerkezetet felvenni, de mégis jól meghatározható funkciókat látnak el. Az elmúlt több mint tíz évben ezeket a fehérjéket rendezetlen fehérjeként ismerte meg a tudomány, és számos téren beigazolódott, hogy megismerésük mind az alaptudomány, mind az orvosbiológia szempontjából igen fontos. A rendezetlen fehérjék fő funkciója a fehérje-fehérje kölcsönhatások kialakítása, leggyakrabban egy rövid lineáris peptidszakasz (6-10 aminosav) kapcsolódik a globuláris, rendezett partnerhez. A globuláris fehérjékben található funkcionális egységekhez, a doménekhez hasonlóan ezek a szakaszok tekinthetők a rendezetlen fehérjék, fehérje szakaszok funkcionális egységének.
Munkám során a feladatom a PDB adatbázisból azon komplexek kiszűrése, feldolgozása és adatbázisba helyezése volt, melyek legalább egy ilyen rendezetlen kötőrégiót tartalmaznak. A feladat nehézségét egyrészt a PDB adatbázis számos hibájának menetközben történő kiszűrése jelenti, másrészt a munkából készülő adatbázis automatikusan kell, hogy frissüljön (a PDB adatbázis hetente, havonta frissül), ennek leprogramozása is fontos. Az adatok kiszűrése után azok feldolgozása is a feladat része volt. Ennek egyik része a rendezetlen kötőmotívumok és az azokat határoló régiók tulajdonságainak vizsgálata volt, a másik pedig egy olyan keresőalgoritmus létrehozása, mely rendezetlen fehérje kötőmotívumokat ismer fel. A munka eredménye egy a csoportban folyó átfogó vizsgálat részét képezi majd, melyben a rendezetlen motívumok kialakulását, általános felépítését, működésükhöz szükséges kulcs faktorokat keressük majd.
Szepes Dóra
Szepes Dóra
Rengeteg előnye van annak, ha valaki már egyetemi tanulmányai alatt csatlakozik egy kutatócsoporthoz. Egyrészt hasznos gyakorlati tudásra lehet szert tenni, másrészt lehetőség van behatóbban foglalkozni valami olyasmivel, ami igazán érdekli az embert. Ennek az is a velejárója, hogy később könnyebb lesz dönteni arról, hogy valaki mivel szeretne foglalkozni hosszabb távon. Mindenkinek csak ajánlani tudom, hogy fogjon bele minél előbb valamilyen kutatómunkába, mert csak nyerni lehet vele.
Curriculum Vitae
Tanulmányok:
2004-2010: Városmajori Gimnázium, Budapest
2010-2014: PPKE ITK, Molekuláris bionika mérnöki BSc
2014-jelenleg: PPKE ITK, Info-bionika mérnöki MSc
Kutatás:
2011-2014: MTA TTK Enzimológiai Intézet, Rendezetlen fehérje kutatócsoport
2013-jelenleg: MTA TTK Kognitív Idegtudományi és Pszichológiai Intézet, Összehasonlító pszichofiziológiai csoport
Kalmár Lajos
Kalmár Lajos
Adatok feltöltés alatt